יש לעיין בפרשה זו כמה קושיות:

א. הרי בעגל רק מקצת מן העם חטאו, כמו שכתוב בהמשך הפרשה "ויפול מן העם ביום ההוא כשלושת אלפי איש", ואם כן צריך להבין מדוע כשמשה קרא מי לה' אלי התקבצו אליו רק בני לוי?

ב. עוד יש לעיין, שהרי משה פותח ואומר "כה אמר ה'...", והיכן צווה זאת ה'? ואם ה' לא צווה מדוע אמר משה "כה אמר ה' "?

ג. משה אומר לבני לוי "הרגו איש את אחיו ואיש את קרובו" לכאורה היה צריך לומר להם: "הרגו אפילו איש את אחיו", ולא בתור צווי שיהרגו את אחיו?

ובשביל ליישב קושיות אלו נראה לבאר, שהנה הגמרא במסכת פסחים (ח.) אומרת "ששלוחי מצווה אינם ניזוקים" אבל למרות זאת הגמרא שם אומרת שאין לבדוק במקום ששכיח היזיקא (ההיזק מצוי) כגון חור שבקיר שמא יש בו עקרב.

הנצ"יב שם בספרו "מרומי שדה" מבאר שעל אף האמור בגמרא, מי שמקיים את המצווה לשם שמים לגמרי ולא על מנת לקבל פרס בעולם הזה או בעולם הבא, לו מובטח שלא ינזק אף במקום ש"שכיח היזיקא". וההסבר בזה הוא שמי שמבטל את רצונותיו האנוכיים לגמרי ומתעלה מעל לטבע הגשמי לגמרי, גם הקב"ה מתנהג אליו באותה צורה ועושה לו ניסים.

[ועל פי זה מסביר הנצי"ב מדוע שמואל לא רצה למשוך את דוד למלך בגלל שחשש שמא ישמע שאול והרגני, עיין שם]

ע"פ הנ"ל אפשר לתרץ את הקושיות שהעלינו, שהרי המלחמה להרוג את העובדים לעגל היא שעת סכנה ולכן מי שאינו עושה זאת לשם שמים לגמרי הרי שמכניס עצמו למצב סכנה ולכן אסור לו להסתכן בכך. משום כך קרא משה "מי לה' אלי", וכוונתו היתה לקרוא לכל מי שהוא לה' לגמרי ללא נטיות אנוכיות, ורק בני לוי היו בדרגה כזו שיכלו להיענות לקריאתו ולצאת למלחמה.

ובאמת נראה שה' לא אמר זאת כי מצוותיו של ה' הם לכלל ישראל, אך למרות זאת אמר משה "כה אמר ה' " כי זהו רצונו של ה' שמי שנמצא בדרגה כזו הוא מצווה לצאת למלחמה כנגד עובדי העגל.

ולפי דברינו יובן גם מדוע צווה "והרגו איש באחיו", שצווה להם בהתחלה שאתם תהרגו איש את אחיו שרק מי שמסוגל לצאת למלחמה במחשבה תחילה שהוא הולך להרוג את אחיו אזי הוא בדרגה הרצויה שלו מותר לצאת למלחמה. אבל אם משה היה אומר הרגו אפילו איש את אחיו מסוגל הלוחם לחשוב מסתמא אני לא יצטרך להרוג את אחי ואז יצאו להילחם גם אנשים שהם בדרגה פחותה שאין בכוחם הנפשי להרוג גם את אחיהם.