מדוע תקנו את חזרת הש"ץ ?
איתא בראש השנה לג: תנן כשם שש"ץ חייב כך כל יחיד ויחיד חייב (להתפלל), רבן גמליאל אומר ש"ץ מוציא את הרבים י"ח. ובגמרא (לד:) אמר רבן גמליאל לחכמים לדבריכם למה ש"ץ יורד (לפני התיבה)? אמרו לו כדי להוציא את שאינו בקי, אמר להם כשם שמוציא את שאינו בקי כך מוציא את שהוא בקי. ואסיקנא דהלכה כרבן גמליאל בברכות של ראש השנה ויום הכיפורים אבל בברכות של שאר ימות השנה הלכה כחכמים. ולכן הש”ץ חוזר בימות החול כדי להוציא את שאינו בקי ( בית יוסף ס' קכד).

אם כל הציבור בקי מדוע הש"ץ חוזר ? ענה ה"ר דוד אבודרהם שנשאל הרמב"ם (פאר הדור ס' קמח) קהל שהתפללו וכולם בקיאים בתפילה, אם ירד ש"ץ לפני התיבה ויחזור התפילה בקול רם ? והשיב הואיל ותקנו חכמים שירד הש"ץ לפני התיבה להוציא את מי שאינו בקי, לא תהיה חזרת הש"ץ ברכה לבטלה כלל, מפני עיקר התקנה ואע"פ שלא יהיה בקהל מי שאינו בקי, כמו שתקנו הקידוש בבית הכנסת (פסחים קא.) והיה עיקר זה מפני האורחים ונתחייבו לאומרו בכל בתי הכנסיות ואע"פ שאין שם אורחים, וכמו שתקנו ברכה אחת מעין שבע בשביל המאחרים לבוא בבית הכנסת (שבת כד:) ונתחייבו לאמרה תמיד ואע"פ שהיו שם כל הקהל וכן כל דבר הנתקן בשביל דבר אחר, אין עניינו שלא נעשית התקנה ההיא עד שיהיה שם אותו הדבר שנתקנה בשבילו. רק עניינו שנעשה התקנה ההיא על כל פנים גזירה שמא יהיה שם אותו הדבר שנתקנה בשבילו וצריך שיובן זה העניין שאם לא כן היו חכמים נותנים דבריהם לשיעורים והיה צריך בכל תפילה לחפש כל איש ואיש שבבית הכנסת אם הוא בקי אם לא.

קדושה
כתב הרא"ש בתשובה (כלל ד' ס' יט') שאין לומר קדיש עם החזן, כי אין אומרים קדיש אלא בעשרה וצריך להבין לחזן ולענות אמן אחריו, כמו כן בקדושה אומר החזן נקדישך ונעריצך וכו' עד שמגיע לקדוש ואז עונין הציבור קדוש עכ"ל. הבית יוסף בס' קכה' הבין מדברי הרא"ש שאין הציבור אומרים נקדישך אלא שותקין ומכוונין למה שהש"ץ אומר וכשמגיע לקדוש, אז יענו ויאמרו קדוש וכו' ,שכאשר החזן אומר לעומתם משבחים וכו' שותקים עד שמגיע לברוך כבוד ה' ממקומו ואז הם עונין וכו'. וכ"כ בשו"ע (ראה עטרת זקנים). המשנה ברורה בס"ק ב כתב שהמנהג בימינו שאומרים הקהל ג"כ נקדש. וכ"כ ילקוט יוסף שנוהגים שכל הקהל אומרים בקול רם ובניגון את נוסח הקדושה "נקדישך ונעריצך", ועונים קדוש אח הש"ץ, יש למנהג זה על מה לסמוך, וכן פשט המנהג בכל המקומות.

מדוע מתנועעים בקדוש ובברוך ?
א. כתב ספר היכלות – ברוכים אתם לה' שמים ויורדי מרכבה, אם תאמרו ותגידו לבני מה אני עושה בשעה שמקדישין ואומרים קדוש , קדוש , קדוש ולמדו אותם שיהיו עיניהם נשואות למרום לבית תפילתם ונושאים עצמם למעלה, כי אין לי הנאה בעולם כאותה שעה שעיניהם נשואות בעיני ועיני בעיניהם. ובאותה שעה אני אוחז בכסא כבודי בדמות יעקב ומחבקן ומנשקן ומזכיר גלותם וממהר גאולתם (כמובן שמדובר במשל וצריך להבין את הנמשל).
ב. שבלי הלקט (ס' כ) מביא הסבר בשם רש"י על הפסוק "וינועו אמות הסיפים מקול הקורא" (ישעיה ו,ד) העצים והאבנים היו מתנועעים מאימת המלך כל שכן אנו שאנו מכירים שיש לנו להזדעזע מאימתו ( בית יוסף בס' קכה').
ג. בדק הבית והמגן אברהם בס"ק ב מסבירים מתנחומא בפרשת צו "ובשתים יעופף" מכאן תקנו לעוף על רגליו בשעה שאומר קדוש ולא כאותם שדולגים וקופצים.

מדוע בחזרת הש"ץ הקהל אומרים מודים דרבנן ששונה מה שאומר הש"ץ ?
איתא בסוטה מ. בשעה ששליח ציבור אומר מודים, העם מה הם אומרים ? אמר רב מודים אנחנו לך ה' אלהינו על שאנו מודים לך ושמואל אמר אלהי כל בשר על שאנו מודים לך, רבי סימאי אומר יוצרנו יוצר בראשית על שאנו מודים לך, נהדעי אמרי משמיה דרבי סימאי ברכות והודאות לשמך הגדול על שהחייתנו וקיימתנו על שאנו מודים לך רב אחא בר יעקב מסיים כן תחיינו ותחוננו וכו' אמר רב פפא הילכך נימרינהו לכולהו. כלומר בשעה שהש"ץ אומר מודים הקהל מודה לה' על זה שהוא זכאי/יכול להודות לה'.וכ"כ התוס' (בד"ה על) דקא מודו ציבורא על ש"ץ אינון סומכין ומאי על שאנו מודים לך על ההודאות דקאמר ש"ץ וקא ענו אינון אמן עכ"ל כלומר עכשיו אנו מודים לך מלבד (בנוסף) שאנו מודים לך בחזרת התפילה שאנו עונין אמן אחר ש"ץ.