הטור בסימן רצ"ד כתב – אמר חייא בר אבא אמר רבי יוחנן אנשי כנסת הגדולה תקנו להם לישראל ברכות ותפילות, קדושות והבדלות, בתחילה קבעוה ( הבדלה) בתפילה, העשירו קבעוה על הכוס, חזרו והענו קבעוה בתפילה, והם אמרו המבדיל בתפילה צריך להבדיל על הכוס (ברכות לג. ) והטעם שקבעו לומר "אתה חוננתנו" בברכת חונן הדעת מבואר בירושלמי שאסור לו לאדם לתבוע צרכיו קודם שיבדיל ( ולכן קבעוה בברכה הראשונה של הבקשות של חול), אי נמי מהבבלי שאם אין בינה אינו יודע להבדיל ועוד דילמא אתי למיטרד לכן קבעוה באתה חונן בתחילת התפילה, ולא תהיה לו טרדה, שבתחילת התפילה אדם יכול לכיוון יותר מאמצע התפילה לכן תקנו באתה חונן ( יעויין בילקוט יוסף שם ס"ב).

טעם נוסף ( מובא בטור בסימן רצ"ו) נמצא בבית איש חי פרשת ויצא ס"ד – כתוב בזוהר הקדוש בפרשת בראשית דף יד: - ובשירותא , מבדלי בצלותא ומבדילי על הכוס, פרחי מתמן וכו' . וכתבתי שם בסיעתא דשמיא בהגהותיי על הזוהר , הכוונה שמגרשים לאותם המזיקים בהדרגה: בתחילה אומרים הבדלה בצלותא דלחש ובזה נעקר ונתלש כח פנימי של המזיקין , ואחר כך "שיר של פגעים" ( יושב בסתר עליון) ובזה נעקר ונתלש כח האמצעי שלהם, ואחר כך הבדלה בקול רם ובזה נתלש כח החיצוני שלהם. ואז פרחי לגמרי ואזלי להו למדברא וכו'.