בסוגיית חנוכה בגמרא, מופיעות שתי מימרות של ר' תנחום: אחת בהלכה, ואחת באגדה.
בהלכה "נר של חנוכה שהניחה למעלה מכ' אמה פסולה כסוכה וכמבוי", ומיד לאחריו באגדה, לגבי הבור שאליו נזרק יוסף "מאי דכתיב 'והבור ריק אין בו מים'?, ממשמע שנאמר: 'והבור ריק' איני יודע שאין בו מים? אלא מה ת"ל 'אין בו מים', מים אין בו, אבל נחשים ועקרבין יש בו".

'משך חכמה' מבאר את הקשר בין שתי האמרות של ר' תנחום בטוב טעם ודעת:ר' תנחום בא להסביר את גדר הברכה, שמברכים על נר חנוכה, "שעשה נסים לאבותינו", שהיא כמו הברכת הרואה מקום שנעשה לו נס, שמברך "שעשה לי נס במקום הזה", ולגבי ברכה זו קובע אבודרהם שברכה זו נאמרת דווקא על נס שיצא מדרך הטבע, כאשר רואה את המקום שארע בו הנס.

בחנוכה היו שני נסים: ניצחון המלחמה על מלכות אנטיוכוס, והוא נחשב עדיין לנס בגדר הטבע, ונס פך השמן שהוא מחוץ לדרך הטבע. וכיוון שברכת "הרואה" מברך רק על נס על-טבעי, לכן אי אפשר לברך ברכה זו על נס הניצחון במלחמה, אלא על נס פך השמן שהוא נס על-טבעי. ותיקנו לברך ברכה זו על ראית הנרות, שהן כאילו מקום הנס. ולכן יש להדליק למטה מכ' אמה במקום שהעין שולטת בו, כדי שיברך במקום הראוי לברכת "הרואה".

מוסיף ה'משך חכמה' שאת זה למד ר' תנחום מפרשת בורו של יוסף. על פי מדרש תנחומא על הפסוק: "ויראו אחי יוסף כי מת אביהם" מה ראו? ראו את יוסף שכשחזר מלקבור את אביו, הלך והציץ בתוך הבור שהשליכוהו לשם, והם חשבו "לו ישטמנו אחינו" ויוסף לשם שמים התכוון, לברך "ברוך שעשה לי נס במקום הזה".

יוסף זכה לשני סוגי נסים: נס טבעי ועל-טבעי.
הנס הטבעי הוא, פרשת ירידתו למצרים. כל השתלשלות הקורות אותו מירידתו למצרים עד שנעשה למשנה למלך מצרים. שונה מזה הנס שניצל מאותו בור שנחשים ועקרבים יש בו, שהיה נס יוצא מדרך הטבע. ולכן כשיוסף רצה לברך "שעשה לי נס במקום הזה", לא היה יכול לברך על הצלתו במצרים שהיה נס טבעי, אלא על נס הצלתו מבור הנחשים שהוא נס על-טבעי, ולכן חזר לאותו הבור, כדי לברך שם.
וזה הקשר בין שני מאמרי ר' תנחום הוא רבי תנחומא שבמדרש.